三證合一如何開票各地方政策不同，還有各地稅務官方不是很明確，具體政策咨詢當地稅務機關，以下僅供參考：
1.新設立的企業，用統一社會信用代碼刻制發票專用章。具體式樣和尺寸規定參照《國家稅務總局關于發票專用章式樣有關問題的公告》(國稅總局公告2011年第7號)。
2.納入“三證合一”范圍的存量企業因工商登記信息變更換發載有18位統一社會信用代碼營業執照的，其納稅人識別號應同時變更。
但在當前技術條件下，企業識別號變更會帶來CA數字證書的換發、三方協議的變更、防偽稅控系統的重新發行等一系列后續工作。如企業目前暫不需要做稅號變更，可暫不刻換發票專用章，待技術問題進一步解決后再變更稅號并且刻換發票專用章。
1、給新設立的企業開票，一般情況下按照18位信用代碼作為納稅人識別號開具發票。
特別提醒：個別地方對新設立的企業開票，雖已取得新的三證合一（18位信用代碼），也按照一定的規律從18位信用代碼取15位納稅人識別號，那就需要把按規律取得15位納稅人識別號作為納稅人識別號開具發票
如：廈門自貿區內新辦企業三證合一的18位注冊號去掉開頭的2位數和最后的1位數，剩下的15位就是稅務登記證號碼。
2、給納入“三證合一”范圍的存量企業，若企業當地暫不需要做稅號變更，按照原15位納稅人識別號開具發票；若企業當地已將18位信用代碼作為納稅人識別號，按照18位信用代碼作為納稅人識別號開具發票；
3、“三證合一”之后，企業通過稅控器具應當能夠為已取得18位信用代碼的客戶開具發票。如果無法開具，企業應立即與稅控設備服務商聯系，盡快進行系統升級。
提醒：在CA數字證書的換發、三方協議的變更、防偽稅控系統的重新發行等一系列后續工作，未全面用18位信用代碼作為納稅人識別號期間，最好咨詢接收發票企業當地的政策，到底是按18位信用代碼作為納稅人識別號，還是15位納稅人識別號進行開票。
